鬼魂军团的鬼域（中村秀利 配音）经过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），期望以此建立漆黑的千年王国。魍魉俯身于鬼域身上，随即指令鬼魂军团攻打鬼之国，妄图杀戮具有封印魔物和预言逝世才能的巫女紫苑（藤村歩 配音），并预备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的魂灵和肉体合二为一，世界将完全灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）授命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言…… 　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。