这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚育。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研讨目标，暗地里用摄像机记录下他一切的生活进程，让马丁研讨他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的成长速度和超人的天分才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然复苏，等候马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐惧噩耗。