谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事情，时至今日仍对整体人类产生着如此巨大的影响。而且鲜少有人窥见真相的全貌，即便它就在那里。某天，过着颓废日子的前联邦捕快福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信任的伙伴——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。本来一档旨在揭穿政治内幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客使用外星人来控制人类的真相。以此为契机，封闭已久的X档案重新敞开。一度对各种古怪事情失去决心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征途。　　而这一路上，层层躲藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继出现在他们的眼前……